En los últimos años los cambios políticos de los gobiernos de Argentina y Brasil y las dificultades de avanzar en la profundización de la Unión Aduanera, más el reclamo de Paraguay y Uruguay de permitir la negociaciones bilaterales con terceros países, incrementan las presiones para reorientar al Mercosur hacia un esquema de inserción internacional.

A lo largo de 30 años, las sucesivas crisis políticas, económicas y sociales en los países miembros claramente impactaron en el proyecto regional.

El 26 de marzo de 1991, Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay firmaron el Tratado de Asunción, que adoptó el nombre Mercosur, dando nacimiento a la unión aduanera regional, que hoy debate su perfil entre la profundización del libre comercio regional o la apertura al mundo.

El Mercosur tiene como países asociados a Bolivia, Chile, Ecuador, Colombia, Perú y México.

Los firmantes del acuerdo se obligaron al Programa de Apertura Comercial, al Arancel Externo Común, a la coordinación de la política macroeconómica y de las de algunos sectores económicos, y la realización de una estructura institucional permanente.

A partir de 1995 rige el arancel externo común, que era válido para el 85% de los productos, en junio de 1992 se estableció el cronograma hacia la constitución del mercado común, y el 17 de diciembre de 1994 se firmó el Protocolo de Ouro Preto, que puso en marcha el Mercosur.
Con este Protocolo se incorporaron algunas innovaciones institucionales de importancia, como la Comisión de Comercio del Mercosur (CCM).

En 1994 surgió la Comisión Parlamentaria Conjunta y el Foro Consultivo Económico y Social (FCES), integrado por las organizaciones de empleadores, trabajadores y de la sociedad civil, que comienza a funcionar en 1996.

En 1997 se firmó la primera norma de contenido sociolaboral del Mercosur, el Acuerdo Multilateral de Seguridad Social del Mercado Común del Sur y se creó el Observatorio del Mercado de Trabajo.

En 1998 se firmó la Declaración Sociolaboral del Mercosur (DSL), que a su vez creó la Comisión Sociolaboral (CSL), de composición tripartita, con el fin de seguir la aplicación de la DSL.

En el 2000, el Mercosur, más Bolivia y Chile, proclamaron la Carta de Buenos Aires sobre Compromiso Social.

El 26 de marzo de 2001 se izó por primera vez la bandera de la unión aduanera en su sede en Montevideo.

En 2001 se dictó la primera resolución socio-laboral de aplicación directa a los países miembros y la Resolución sobre Formación Profesional.

En 2003, por primera vez se sancionó una norma sociolaboral estableciendo el Repertorio de Recomendaciones Prácticas sobre Formación Profesional y se convocó a la Primera Conferencia Regional de Empleo, que se realizó en abril de 2004, año en la que se decidió crear el "Grupo de alto nivel para la elaboración de una estrategia Mercosur dirigida al crecimiento del empleo".

En diciembre de 2003, Argentina y Brasil adaptaron el documento Programa de Trabajo y se creó el Fondo para la Convergencia Estructural (FOCEM) dirigido a aliviar las asimetrías entre los países miembros.

En el 2005 se produjo el histórico rechazo al Área de Libre Comercio de las Américas (ALCA) tomado por todos los países, para permitir un proceso de desarrollo e integración propio de la región.

En 2006 se aprobó la Estrategia Mercosur de Crecimiento del Empleo y se creó el Instituto Social del Mercosur.

Ese mismo año, Venezuela firmó el Protocolo de Adhesión al Mercosur, completando el proceso en 2012 y cuatro años después fue suspendida como integrante de la unión regional.

En 2010 se aprobó el Código Aduanero del Mercosur y la eliminación de la doble imposición del arancel externo común. Dos años después, Bolivia firmó el Protocolo de Adhesión al Mercosur.

El 13 de julio de 2013 se levantó la suspensión que había sido aplicada a Paraguay.

A partir de 2016 se aceleraron las negociaciones con la UE, iniciadas en el 1995, y representantes de ambos bloques realizaron un intercambio de ofertas de acceso a sus respectivos mercados de bienes y servicios, que aún no fue definido.

En mayo del 2016 las negociaciones con la UE llegaron al intercambio de ofertas de acceso a sus respectivos mercados de bienes y servicios, proceso que está inconcluso y con fuerte oposición entre los países miembros.

Las reiteradas devaluaciones del real en Brasil y del peso en Argentina, el peligro de la "Brasil-dependencia" para los restantes socios y las sucesivas crisis conspiraron contra el ideal de integración, aunque se lograron importantes avances.