Desde los inicios de la pandemia de COVID-19, la Red de Vigilancia Genómica de Sudáfrica ha estado monitoreando cambios en el virus SARS-COV-2. Esta fue una herramienta valiosa para entender mejor cómo el virus se propaga. A finales de 2020, la red detectó un nuevo linaje del virus: 501Y.V2, que fue más conocido como variante Beta. Ahora fue identificada una nueva variante de SARS-COV-2 fue identificada conocida como B.1.1.529. [N. del E.: en las últimas horas, la Organización Mundial de la Salud nombró esta variante como Omicron y la definió como una variante de preocupación]  

Para ayudarnos a entender más, el periodista de The Conversation África Ozayr Patel le pidió a científicos que compartieran lo que saben. 

¿Qué dice la ciencia detrás de la búsqueda?

La búsqueda de variantes requiere un esfuerzo conjunto. Sudáfrica y Gran Bretaña fueron los primeros países grandes en implementar iniciativas de vigilancia genómica de SARS-COV-2 ya en abril de 2020.

La búsqueda de variantes, por muy emocionante que parezca, se realiza a través de la secuenciación del genoma completo de muestras que han dado positivo al virus. Este proceso implica verificar si en todas las secuencias obtenidas hay diferencias en relación con lo que sabemos está circulando en Sudáfrica y en el mundo.

Cuando vemos múltiples diferencias, esto inmediatamente enciende una alarma e investigamos más para confirmar lo que encontramos.

Afortunadamente Sudáfrica tiene la capacidad de hacer esto. Esto se debe al repositorio central de resultados de laboratorio del sector público, que se encuentra en el Servicio Nacional de Laboratorio de Salud (NGS-SA), buenos vínculos con laboratorios privados, el Centro Provincial de Información de Salud de la provincia del Cabo Occidental, y  experiencia en modelado de última generación.

Además, Sudáfrica tiene varios laboratorios que pueden cultivar y estudiar el propio virus y descubrir hasta qué punto los anticuerpos, creados en respuesta a la vacunación o una infección previa, son capaces de neutralizar el nuevo virus. Estos datos nos permitirán caracterizar al nuevo virus.

La variante Beta se propagó mucho más eficientemente en la población en comparación con el «tipo salvaje» o «ancestral» de SARS-COV-2 y causó la segunda ola de la pandemia en Sudáfrica. Es por eso que fue clasificada como una variante de preocupación. Durante el 2021, otra variante de preocupación llamada Delta se propagó alrededor de buena parte del mundo, incluyendo Sudáfrica, en donde causó una tercera ola de la pandemia.

Muy recientemente, una secuenciación de rutina realizada por laboratorios miembros de la Red de Vigilancia Genómica detectaron un nuevo linaje del virus llamado B.1.1.529, en Sudáfrica. 77 muestras recolectadas a mediados de noviembre de 2021 en la provincia de Gauteng tenían el virus. También se informaron una pequeña cantidad de casos en Botswana y Hong Kong. El caso de Hong Kong habría correspondido a un viajero de Sudáfrica.

¿Por qué Sudáfrica presenta variantes preocupantes?

No estamos seguros. Parece deberse a algo más que al resultado de los esfuerzos para monitorear el virus circulante. Una teoría es que la fuente de nuevas variantes virales sean las personas con sistemas inmunológicos muy comprometidos, y que experimentan una infección activa prolongada porque no pueden eliminar el virus.

Esta suposición implica que cierto grado de «presión inmune» (es decir, una respuesta inmune que no es lo suficientemente fuerte para eliminar el virus pero que ejerce cierto grado de presión selectiva que «obliga» al virus a evolucionar) crea las condiciones de que emerjan nuevas variantes. 

A pesar de que existe un programa avanzado de tratamientos antirretrovirales para personas que viven con VIH, muchas personas en Sudáfrica tienen casos avanzados de VIH y no están recibiendo un tratamiento efectivo. Varios casos clínicos han sido investigados para apoyar esta hipótesis pero todavía hay mucho para aprender.

¿Por qué esta variante es preocupante?

La respuesta corta es que no sabemos. La respuesta larga es que B.1.1.529 trae ciertas mutaciones que son preocupantes. No han sido registradas previamente en esta combinación, y solamente la proteína Spike tiene más de 30 mutaciones. Esto es importante porque la mayoría de las vacunas buscan generar una respuesta contra esta proteína.

También podríamos decir que la B.1.1.529 tiene un perfil genético muy diferente al de otras variantes de interés o de preocupación que están circulando. No parece ser una «hija de la Delta» o «el nieto de la Beta» pero en realidad representa un nuevo linaje de SARS-COV-2.

Algunos de sus cambios genéticos son conocidos por otras variantes y sabemos que pueden afectar la transmisibilidad o permitir la evasión inmune, pero otros son nuevos o no han sido estudiados todavía. Si bien no podemos hacer predicciones, todavía estamos estudiando hasta qué punto las mutaciones van a influir en su comportamiento.

Queremos saber sobre la transmisibilidad, la severidad de la enfermedad y la capacidad del virus de «escapar» la respuesta inmune de las personas vacunadas o recuperadas. Estamos estudiando esto de dos maneras.

En primer lugar, cuidadosos estudios epidemiológicos intentan descubrir si el nuevo linaje muestra cambios en la transmisibilidad, la habilidad de infectar a personas vacunadas o previamente infectadas, etc.

Al mismo tiempo, estudios de laboratorio examinan las propiedades del virus. Sus características de crecimiento viral son comparadas con las de otras variantes de otros virus y se determina qué tan bien los virus pueden ser neutralizados por anticuerpos encontrados en la sangre de personas vacunadas o recuperadas.

Al final, el significado completo de los cambios genéticos identificados en B.1.1.529 va a volverse más claro cuando los resultados de todos estos tipos de estudios sean considerados.  Es una tarea compleja, demandante y cara, que va a llevar varios meses, pero que es indispensable para entender mejor el virus y diseñar mejores estrategias para combatirlo.

¿La primera evidencia indica que esta nueva variante causa síntomas diferentes o una enfermedad más severa?

Todavía no hay evidencia de diferencias clínicas. Lo que se sabe es que los casos de infecciones con B.1.1.529 han aumentado rápidamente en Gauteng, en donde aparentemente ha comenzado la cuarta ola de la pandemia. Esto sugiere que una fácil transmisibilidad, aunque en un contexto de intervenciones no farmacológicas mucho más relajadas y un menor número de casos. Es por eso que no podemos definir todavía si la  B.1.1.529 es transmitida más eficientemente que las variantes de preocupación previas, como la Delta.

Es más probable que la COVID-19 se manifieste de una manera más severa, a menudo como una enfermedad que ponga en riesgo la vida de las personas más ancianas y de quienes tienen enfermedades crónicas. Pero los grupos más expuestos en un primer momento al virus son jóvenes y personas sanas en general. Si B.1.1.529 se propaga más, va a llevar un tiempo antes de que sus efectos, en términos de la severidad de la enfermedad, puedan ser evaluados.

Afortunadamente, parece que todos los estudios de diagnóstico que se han usado hasta ahora han sido capaces de identificar el nuevo virus.

Aún mejor, parece que pruebas comerciales muy usadas muestran un patrón específico: 2 de los 3 secuencias de genomas objetivo son positivos pero el tercero no. Es como si la nueva variante marcara constantemente 2 de las 3 casillas en la prueba existente. Esto puede servir como un marcador para el B.1.1.529, por lo que podríamos estimar rápidamente la proporción de casos de Omicron por día y por área. Esto es muy útil para monitorear la propagación del virus casi en tiempo real.

¿Las vacunas actuales van a proteger contra la nueva variante?

Tampoco sabemos. Los casos conocidos incluyen a personas que han sido vacunadas. De todos modos, sabemos que la protección inmune que provee la vacuna decae con el tiempo y no protege tanto contra infecciones sino contra casos severos de la enfermedad o la muerte. Uno de los análisis epidemiológicos que se iniciaron está analizando cuántas personas vacunadas fueron infectadas con B.1.1.529. 

La posibilidad de que Omicron pueda evadir la respuesta inmune es desconcertante. La mirada optimista es que las altas tasas de seroprevalencia, es decir las personas que ya han sido infectadas, según varios estudios, proporcionarían un grado de «inmunidad natural» durante al menos un período de tiempo.

En última instancia, todo lo que se conoce sobre B.1.1.529 hasta la COVID-19 grave y, junto con las intervenciones no farmacológicas, contribuirá en gran medida a ayudar al sistema de salud a hacer frente a la próxima ola. 

Esta nota fue publicada originalmente por The Conversation el 26/11/2021